Section Item 1.1

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id.

Code Example: npm install <package>

Unordered List Examples:

• HTML5: <div id="foo">
• CSS: #foo { color: red }
• JavaScript: console.log('#foo\bar');

Ordered List Examples:

1. Download lorem ipsum dolor sit amet.
2. Click ipsum faucibus venenatis.
3. Configure fermentum malesuada nunc.
4. Deploy donec non ante libero.

Callout Examples:

Alert Examples:

Section Item 1.2

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Image Lightbox Example:

Custom Table:

Stripped Table:

Bordered Dark Table:

Section Item 1.3

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Badges Examples:

Button Examples:

Progress Examples:

Section Item 1.4

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Pagination Example:

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 1.5

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 1.6

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Pre-requisites

• GCC 9: sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test && sudo apt update && sudo apt install gcc-9 g++-9. You may also need to update your alternatives.

Pre-compiled binary

• Download the latest release from here: https://github.com/DFO-Ocean-Navigator/netcdf-timestamp-mapper/releases
• Set the desired permissions of the executable (i.e., chmod +x nc-timestamp-mapper).
• Ensure the user that will be running the process has READ AND WRITE permissions for the INPUT AND OUTPUT directories.

Compiling from source

Assuming you've met the pre-reqs outlined just above, compiling from source doesn't require much effort.

1. Ensure your /usr/bin/g++ is set to point to g++-9.
2. git clone https://github.com/DFO-Ocean-Navigator/netcdf-timestamp-mapper.git
3. cd netcdf-timestamp-mapper/
4. git submodule update --init --recursive
5. make
6. The binary will be found in the build/ directory.

Complete Indexing

Complete indexing is useful for when you wish to index a large number of files through a regex filter. For example: you've just received a new ocean model that you wish to index and contains several hundred netcdf files. Since no index database has been previously generated, complete indexing is what you want.

How to do it:

• Basic scanning: ./nc-timestamp-mapper -n MY-DATASET-NAME -i /home/my_username/data/my-dataset/ -o /home/my_username/data/my-dataset/ -h
• Regex filter: ./nc-timestamp-mapper -n MY-DATASET-NAME -i /home/my_username/data/my-dataset/ -o /home/my_username/data/my-dataset/ -r ^.*(3D).*$ -h Matches all file names against the given regex pattern (-r ^.*(3D).*$).

Incremental Indexing

Incremental indexing ingests a given text file with a list of absolute paths to the netcdf files that need to be indexed. This is useful for updating operations (i.e. a complete indexing has already been performed and new data is being received at regular intervals). The tool will only scan the files listed in the text file and update the index database accordingly.

Historical vs. Forecast Data

At this time the tool only supports historical data (i.e. there is only one timestamp associated with the model). Forecast support is planned for the near future.

As a work-around for forecast data, each day, you can delete the previous day's database file and re-run the "complete indexing" method against the new forecast data to create an index file for today's data.

Command Line Args

This tool is command-line only, so naturally there are a bunch of required flags and others that are configurable. If you wish to read some C++, you can see the CLI definition here. Please note that any arguments not listed here are not guaranteed to function properly (if at all).

• -n OR -dataset-name: REQUIRED: Name of the dataset. Will also become the filename of the resulting database (with the .sqlite3 extension.
• -i OR -input-dir: REQUIRED: Input directory of netcdf files to scan.
• -o OR -outout-dir: REQUIRED: Output directory of the resulting database file. Make sure the user running the process has write priveleges to this folder!
• -h OR -historical: REQUIRED: Indicates the dataset is historical in nature (i.e. not a forecast). In the future, there will be a -f flag to denote forecasts.
• -r OR -regex: Apply a regex pattern to the input directory to filter the scanned netcdf files.
• --dry-run: Perform a dry-run of the tool; the list of scanned netcdf files will be output to the screen. No database changes will be made.
• --file-list: File containing absolute paths to netcdf files to be indexed. The format is 1 path per line (no line-ending commas, etc).

Section Item 4.1

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 4.2

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 4.3

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 5.1

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 5.2

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 5.3

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 6.1

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 6.2

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 6.3

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 7.1

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 7.2

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 7.3

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 8.1

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 8.2

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 8.3

Vivamus efficitur fringilla ullamcorper. Cras condimentum condimentum mauris, vitae facilisis leo. Aliquam sagittis purus nisi, at commodo augue convallis id. Sed interdum turpis quis felis bibendum imperdiet. Mauris pellentesque urna eu leo gravida iaculis. In fringilla odio in felis ultricies porttitor. Donec at purus libero. Vestibulum libero orci, commodo nec arcu sit amet, commodo sollicitudin est. Vestibulum ultricies malesuada tempor.

Section Item 9.1 (FAQ Category One)

What's sit amet quam eget lacinia?

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetuer adipiscing elit. Aenean commodo ligula eget dolor. Aenean massa. Cum sociis natoque penatibus et magnis dis parturient montes, nascetur ridiculus mus. Donec quam felis, ultricies nec, pellentesque eu, pretium quis, sem. Nulla consequat massa quis enim. Donec pede justo, fringilla vel, aliquet nec, vulputate eget, arcu. In enim justo, rhoncus ut, imperdiet a, venenatis vitae, justo. Nullam dictum felis eu pede mollis pretium.

How to ipsum dolor sit amet quam tortor?

Donec sodales sagittis magna. Sed consequat, leo eget bibendum sodales, augue velit cursus nunc, quis gravida magna mi a libero. Fusce vulputate eleifend sapien. Vestibulum purus quam, scelerisque ut, mollis sed, nonummy id, metus. Nullam accumsan lorem in dui.

Can I bibendum sodales?

Fusce vulputate eleifend sapien. Vestibulum purus quam, scelerisque ut, mollis sed, nonummy id, metus. Nullam accumsan lorem in dui.

Where arcu sed urna gravida?

Aenean et sodales nisi, vel efficitur sapien. Quisque molestie diam libero, et elementum diam mollis ac. In dignissim aliquam est eget ullamcorper. Sed id sodales tortor, eu finibus leo. Vivamus dapibus sollicitudin justo vel fermentum. Curabitur nec arcu sed urna gravida lobortis. Donec lectus est, imperdiet eu viverra viverra, ultricies nec urna.

Section Item 9.2 (FAQ Category Two)

What's sit amet quam eget lacinia?

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetuer adipiscing elit. Aenean commodo ligula eget dolor. Aenean massa. Cum sociis natoque penatibus et magnis dis parturient montes, nascetur ridiculus mus. Donec quam felis, ultricies nec, pellentesque eu, pretium quis, sem. Nulla consequat massa quis enim. Donec pede justo, fringilla vel, aliquet nec, vulputate eget, arcu. In enim justo, rhoncus ut, imperdiet a, venenatis vitae, justo. Nullam dictum felis eu pede mollis pretium.

How to ipsum dolor sit amet quam tortor?

Donec sodales sagittis magna. Sed consequat, leo eget bibendum sodales, augue velit cursus nunc, quis gravida magna mi a libero. Fusce vulputate eleifend sapien. Vestibulum purus quam, scelerisque ut, mollis sed, nonummy id, metus. Nullam accumsan lorem in dui.

Can I bibendum sodales?

Fusce vulputate eleifend sapien. Vestibulum purus quam, scelerisque ut, mollis sed, nonummy id, metus. Nullam accumsan lorem in dui.

Where arcu sed urna gravida?

Aenean et sodales nisi, vel efficitur sapien. Quisque molestie diam libero, et elementum diam mollis ac. In dignissim aliquam est eget ullamcorper. Sed id sodales tortor, eu finibus leo. Vivamus dapibus sollicitudin justo vel fermentum. Curabitur nec arcu sed urna gravida lobortis. Donec lectus est, imperdiet eu viverra viverra, ultricies nec urna.

Section Item 9.3 (FAQ Category Three)

How to dapibus sollicitudin justo vel fermentum?

Donec sodales sagittis magna. Sed consequat, leo eget bibendum sodales, augue velit cursus nunc, quis gravida magna mi a libero. Fusce vulputate eleifend sapien. Vestibulum purus quam, scelerisque ut, mollis sed, nonummy id, metus. Nullam accumsan lorem in dui.

How long bibendum sodales?

Fusce vulputate eleifend sapien. Vestibulum purus quam, scelerisque ut, mollis sed, nonummy id, metus. Nullam accumsan lorem in dui.

Where dapibus sollicitudin?

Aenean et sodales nisi, vel efficitur sapien. Quisque molestie diam libero, et elementum diam mollis ac. In dignissim aliquam est eget ullamcorper. Sed id sodales tortor, eu finibus leo. Vivamus dapibus sollicitudin justo vel fermentum. Curabitur nec arcu sed urna gravida lobortis. Donec lectus est, imperdiet eu viverra viverra, ultricies nec urna.